工程结算审核与工程造价司法鉴定，从技术层面基本一致。但从行为层面却有着本质的区别。
1、性质不同
工程造价结算审核的技术成果是凭借相关资料履行程序化的成果，是合同双方借以谈判的基础，而工程造价司法鉴定结论是判案基础，两者性质不同。
工程结算审核依据相关资料，做出程序化的技术成果。而工程造价的司法鉴定，首先要明确争诉焦点和司法委托内涵。造价鉴定不仅仅是技术结论，更重要的是民事诉讼的证据之一。可以说是成立于证据之上的证据，是涉及判案结果的证据，对其合法性、有效性有严格的界定。
2、资料表述不准时处理方式不同
结算审核对相关资料如有含糊不清的，审核人凭借工作经验可做主观判断。工程造价司法鉴定则相反。
工程造价司法鉴定必须严格运用司法审判权，鉴定范围、鉴定依据、鉴定材料、有争议的合同条款的理解方法，由法院进行裁决，司法鉴定机构必须明确涉及的司法审判权，应由法院行使：工程造价司法鉴定范围、鉴定依据、鉴定材料、有争议的合同条款的确定权属于司法审判权。因此工程造价司法鉴定对相关资料表述不准的，不得做主观判断。必须经双方质证认可，方可做依据。对有分歧的非技术方面的证据，必须由司法委托人做出是否有效的认定后，才能作为鉴定证据，否则原被告质疑鉴定人越权。
3、双方主张不同
结算审核均是依据双方合同约定以及过程资料，按审核常规给予审核结果，双方并无明确要求。而造价司法鉴定，双方均有不同主张，鉴定人不管证据的质量如何，都必须严肃对待。
对证据不清的必须召开双方会议面对面核实确认并记录。对达不成一致的行为证据即合同、协议等，要及时提交法院确认效力后，再做鉴定依据。对技术性证据鉴定人确认即可。因此，鉴定人可凭借专业技能做技术结论，勿做行为证据有效性的判断。
工程造价司法鉴定的结果可能不符合原被告的意愿，鉴定报告不需要原、被告的签字。由法院采纳判决生效后，即产生强制性。这一点也与工程审计不同。
4、争议结果不同
审核与鉴定，在实际工作中常会遇到各类性质不同的争议问题。有时对同一问题，利益双方会出现截然不同的阐述，处理方式也不尽相同。
如在结算审核中碰到类似问题，通常做法是：依据审核人的专业技能和谈判协调能力，综合双方争议焦点，对问题作出判断，然后说服双方接受审核人意见。不管争议问题性质如何，一般情况一个问题只做一个审核结果。
而司法鉴定碰到类似问题，鉴定人也要凭借专业技能尽量说明使双方达成一致意见。但可能性很小。此时争议问题的处理，与结算审核完成不同，鉴定人只需分析问题实质，不发表任何倾向性意见，而是站在第三者角度，分别对双方不同的表述作出不同的造价结果，而不能只作一个造价结果。